Микроскопите се класифицират въз основа на принципа на микроскопията и могат да бъдат разделени на поляризационна микроскопия, оптична микроскопия, електронна микроскопия и цифрова микроскопия.
1. Поляризационният микроскоп е вид микроскоп, използван в изследователски институти за прозрачни и непрозрачни анизотропни материали и има важни приложения в научни и инженерни специалности като геология.
2. Оптичните микроскопи обикновено се състоят от оптични части, осветителни части и механични части. Оптичен микроскоп може да увеличи обект 1600 пъти с минимална граница на разделителна способност от 0,1 микрометра.
3. Електронните микроскопи имат основни структурни характеристики, подобни на оптичните микроскопи, но имат много по-високи възможности за увеличение и разделителна способност за обекти, като използват електронния поток като нов източник на светлина за изобразяване на обекти.
4. Преносимите микроскопи са основно разширение на серията цифрови микроскопи и видеомикроскопи, разработени през последните години
